Teplota moře v Chorvatsku je zajímavá pro studium a systematicky se zaznamenává a sleduje již více než 30 let. Jaderské moře je teplé moře. Během léta dosahuje teplota moře v Chorvatsku na povrchu otevřeného moře 23 až 25 stupňů Celsia, zatímco nejhlubší vody mají teplotu vyšší než 11 až 13 stupňů Celsia. Teplota moře v Chorvatsku obecně klesá od povrchu směrem ke dnu. U pobřeží jsou teploty mírně vyšší, zejména v mělkých a uzavřených zátočinách. Během teplé části roku, zejména v létě, dochází ve vrstvě 10 až 30 metrů od povrchu ke teplotnímu skoku, který nejrychleji klesá na několika metrách hloubky. Na hloubce 70 metrů dosahuje teplota moře v Chorvatsku 18 až 19 stupňů Celsia. Na podzim se moře v Chorvatsku na povrchu začíná ochlazovat. V zimě se teplota moře v Chorvatsku na povrchu pohybuje od 14 do 16 stupňů Celsia, s minimem kolem 12 až 10 stupňů Celsia. V zimě je jižní Jadran teplejší než severní, a rozdíl teploty mezi severním a jižním Jaderským mořem činí 8 až 10 stupňů Celsia. Mělké vody severního Jaderského moře, přístavy, zálivy a ústí řek se v zimě ochlazují na 4 až 6 °C. V Jaderském moři se nevyskytuje led. Na jaře se moře začíná ohřívat a brzy dosahuje teploty 18 až 22 stupňů Celsia, která je vhodná pro koupání.
V létě se moře v Chorvatsku nejvíce ohřívá. Maximální teploty nastupují v červenci a trvají do poloviny září a dosahují 23 až 26 stupňů Celsia. V létě je moře chladnější než vzduch, což brání výraznému ohřívání, zatímco v zimě je moře teplejší než vzduch a ohřívá ho. Moře v Chorvatsku tak působí jako regulátor teploty vzduchu a zmírňuje teplotní extrémy v létě a v zimě. Pobřežní pás, zejména v blízkosti pohoří, je bohatý na podmořské sladkovodní prameny – vrulje. Jsou známy prameny u pobřeží ve Velebitském a Bračském kanálu, v Rijeckém, Kaštelanském, Malostonském a Bokokotorském zálivu a ve Veliká Vrata. Z těchto pramenů vyvěrá v létě relativně studená voda, která se rychle míchá s mořskou vodou, ale za určitých meteorologických podmínek může na těchto místech vznikat mlha. V létě chladný vítr bura krátkodobě rychle ochladí povrchovou vrstvu moře, takže moře udržuje o 2 až 4 stupně Celsia nižší teplotu, dokud fouká bura. Teplota moře v Chorvatsku se každodenně měří na více než sto lokalitách po celém chorvatském pobřeží. Teplota moře v Dalmácii, teplota moře v Istrii a teplota moře na Kvarneru mají své vlastní charakteristiky a společně pomáhají ilustrovat komplexní obraz o teplotě moře v Chorvatské republice.
